La historia trata sobre Aono Tsukune, un chico de secundaria quien se había resignado a repetir el año escolar, sin embargo al llegar a su casa su padre le entrega un extraño sobre para inscribirse en la Academia Yōkai, un instituto ubicado en un lugar muy apartado de la civilización. Durante el camino hacia el instituto tiene un percance con una chica preciosa de nombre Akashiya Moka, la que luego de un rato le comenta que ella es en realidad un vampiro, pero Tsukune no lo cree y le sigue la corriente. Sin embargo, Tsukune descubre en su primer día de clases que la Academia Yökai es un instituto... ¡para monstruos y ningún humano es bienvenido!... sin embargo la Academia se creo para enseñarle a los monstruos a convivir con los humanos, además de las 2 reglas básicas del instituto: primero, todos los estudiantes, maestros y demás personal del instituto deben permanecer en su forma humana todo el tiempo a menos que estén en peligro, y segundo, nunca deben revelar su verdadera identidad a otro estudiante; Moka no sabía esta regla cuando reveló su identidad a Tsukune, asi que no cuenta. Al principio Tsukune se asusta e intenta huir de la escuela, a lo que Moka intenta hacer lo posible por detenerlo. Finalmente, cuando estaba por irse, Tsukune siente que Moka se encuentra en peligro y va a ayudarla (aunque no es mucha la ayuda ya que al final es ella quien lo salva) y descubre la verdadera imágen de Moka transformada en vampiro (o vampiresa, pero suena mejor vampiro). Después de mucho pensarlo Tsukune decide quedarse en esa escuela ya que ya ha hecho una amiga; así siguen las historias de Tsukune y Moka en la Academia Yōkai, luchando contra enemigos, tratando de mantener en secreto la identidad humana de Tsukune y haciendo nuevos amigos (más amigas pretendientes que amigos)... romances, acción y sin duda mucha diversion.