La historia comienza cuando Manta Oyamada, un estudiante de secundaria, toma un atajo por el cementerio local (pues se le ha hecho tarde para llegar a casa) y divisa a un joven misterioso que simplemente observa las estrellas. Yoh Asakura le invita a quedarse con él y sus "amigos", pero Manta huye asustado al ver que estos eran fantasmas. Tiempo después Yoh se revela así mismo como un "Shamán" (quienes son el vínculo entre este mundo y el de los espíritus) para demostrarle a Manta que entre ellos ha nacido una amistad.

La misión de Yoh sera encontrar un espíritu acompañante y prepararse para el "Torneo de Shamanes" (Shaman Tournament) o Shaman Fight en el manga editado en España, que tendrá por sede, Tokyo. La pelea que se lleva acabo cada 500 años(Quinientos) y en la que el ganador se convierte en el Shaman King, quien es aquel que puede hacer contacto con el "Gran Espíritu" (el que controla y ve por el destino del mundo).

Finalmente hará su aparición el antagonista de la historia, quien tiene un destino en común con Yoh y tratará de ganar para cumplir su ambición de exterminar a la humanidad y establecer una utopía shamanica.

Conforme avanza la historia, tanto el manga como el anime, llevan un desarrollo distinto. Y aun que poseen finales diferentes, estos guardan una relación. El anime abarca 64 episodios y finaliza con la derrota de Hao y la continuación del torneo anunciada a todos los shamanes por Lago.

El manga se desarrolla en 285 capítulos, recopilados en 32 tomos, y culmina con una corta historia adicional, conocida como "Funbari no Uta" (Canciones de Funbari). Muchos seguidores de la serie la abrevian con el nombre de "Mankin". En esta historia adicional se cuenta lo que ocurrió después del torneo, descubriendo el hijo de Yoh y Anna, un niño de 6 años de nombre Hanna.